* Иногда в столбике «Мастер» Шанг Цунг может появится дважды в качестве противника. * В аркадной версии не существует биографии Кунг Лао. Она была добавлена только в домашние версии игры * Так как в МК3 нет ниндзя, как в предыдущих частях игры, то Нуб-Сайбот в этой игре — не закрашенный чёрным ниндзя, а перекрашенный в чёрный цвет Кано. У этой версии Нуб-Сайбота нет никаких спецприёмов и добиваний, однако он использует комбо Кано и также Сайбот в два раза быстрее обычных бойцов. В аркадной версии игры, когда Нуб выигрывает раунд Шао Кан объявляет: «Kano shows mercy!» («Кано проявил милосердие!»), что скорее всего является ошибкой в программе. В домашних версиях игры, после победы Нуба, Кан объявляет: «It’s official you suck!» * Причина, по которой Джонни Кейдж не появился в этой игре, заключалась в том, что актёр, исполнявший роль Кейджа в первых двух играх серии (Даниель Песина), был уволен из Мидвей за участие в рекламе игры Bloodstorm (Кровавый Сторм) * Рейден не появился в этой игре, потому что актёр — Карлос Песина, который играл Рейдена в первой и второй части игры, тайно принимал участие в разработке игры Tatoo Assassin (Татуированные убийцы) от фирмы Data East. * Некоторые новые персонажи из МК3 не получили имён почти до самого выхода игры. Поэтому во время разработки у них были забавные прозвища: o Сектора называли Кетчупом, o Сайракса — Горчицей, o Синдел — Невестой или Мучача (c исп. Девушка), o Кабала — Песочным человеком. * Во время разработки игры уровни the Graveyard (Кладбище) и the Bell Tower (Колокольня) носили имена The Boonyard и Tobias Tower (Башня Тобиаса) соответственно. * Саб-Зиро в МК3 было решено не давать маску не только для того, чтобы дать ему новый облик, но и для того, чтобы окончательно убедить: Саб-Зиро из МК2 и МК3 — это не Саб-Зиро старший из МК1, во что многие тогда верили. * Саб-Зиро младший в концовке МК2 без маски имеет азиатскую внешность. В МК3 роль Саб-Зиро поручили американскому актёру — в результате Саб-Зиро стал выглядеть, как европеец.
