Шао Кан, проигравший Лю Кенгу в битве (события МК2) и уставший от поражений его слуг на турнирах против землян, начинает приводить в действие план, начало которому было положено 10.000 лет назад. По его приказу Теневые Жрецы, возглавляемые Шанг Цунгом должны были оживить бывшую королеву Кана — Синдел, которая умерла почти сразу после захвата Каном Эдении. По замыслу Кана, Синдел должна была воскреснуть не во Внешнем Мире, а на Земле, что дало бы право Кану открыть портал в Земное Царство и захватить планету, обойдя правила Смертельной Битвы.
Когда Синдел воскресла в Земном Царстве, Шао Кан открыл портал на Землю и потребовал свою королеву. Его действия привели к тому, что Земля стала частью Внешнего Мира и души миллиардов людей мгновенно стали собственностью Шао Кана. Только несколько человек уцелело по всей планете, благодаря Рейдену, который защитил их души во время вторжения. Бог Грома даёт указание выжившим — остановить Кана, но сам он не имеет права вмешиваться из-за своего статуса Защитника Земного Царства. Рейден не имеет силы во Внешнем Мире, а Земля частично стала частью Внешнего Мира.
Для уничтожения избранных воинов, Шао Кан отправляет на Землю отряды истребителей под предводительством Мотаро. Защита Рейдена распространяется только на души избранных воинов, не на их тела, а это значит, что прежде, чем уничтожить Шао Кана, землянам надо постараться выжить в боях со слугами Императора.
Mortal Kombat 3 следует за Mortal Kombat 2, и происходит в то же время, что и Ultimate Mortal Kombat 3 и Mortal Kombat Trilogy, которые были апдейтами МК3. Следующей новой игрой серии стал Mortal Kombat 4.
