Игра стала ответом Midway на весьма успешный файтинг — Street Fighter II от компании Capcom, благодаря которому жанр стал одним из самых популярных в начале и середине 90-х годов. Однако в Mortal Kombat использовал иную систему управления, не похожую на ту, которая использовалась в играх серии Street Fighter. Эта система просуществовала до выхода игры Mortal Kombat: Deadly Alliance. Управление состоит из джойстика для передвижения персонажа и пяти кнопок, расположенных в форме буквы Х — верхний удар рукой, верхний удар ногой, нижний удар рукой, нижний удар ногой, блок, и джойстик для передвижения персонажа.
Если два бойца стоят рядом друг с другом, то нажатие на любую кнопку удара приводит к проведению отличного от обычного удара. Нижний удар рукой становится броском. Верхний удар рукой становится сильным ударом локтем, ударом головой или ударом тыльной стороной ладони (в зависимости от персонажа). А любой из ударов ногами становится ударом коленом. Нажатие удара рукой во время приседания приводит к апперкоту, самой мощной атаке в игре (точно такой же урон наносил бросок). Нижний удар ногой вместе с нажатием кнопки назад превращался в подсечку, а верхний - в удар ногой с разворота. Удары ногами в приседании и в воздухе исполнялись в похожей на Street Fighter манере.
Блокирование в Mortal Kombat очень изменило ход поединков по сравнению с современниками, которые использовали схему управления из Street Fighter. Персонажи не блокируют удары противника, когда отступают или пригибаются — блок может быть осуществлён только нажатием на специально выделенную для этого кнопку. Но даже во время блокирования ударов противника игрок всё равно получает небольшие повреждения. Впрочем, успешное блокирование ударов осуществляется довольно просто — блок в приседании успешно защищает их от всех атак противника, даже от воздушных (таких как, например, удар ногой в прыжке). Единственной не блокируемой атакой остался бросок. Однако для осуществления броска нужно было подойти к сопернику вплотную, что не так-то просто. Кроме того, во время блока персонаж практически не отъезжает назад. Такой стиль блокировки ударов позволял не только уходить от большого уровня повреждений, но и проводить успешные контратаки после осуществления блока. В конечном итоге это приводило к более хитрому стилю ведения боя, чем в остальных играх, существовавших в то время.
Каждый из семи персонажей двигается и наносит удары в одном и том же стиле, что привело к претензиям, что между бойцами было мало различий. При этом персонажи всё-таки различались в скорости, уроне, который они способны были нанести. К примеру удар ногой в приседании Кано, наносил больше урона, чем у остальных бойцов, а у удара ногой в прыжке в исполнении Рейдена был самый большой радиус действия.
Как и в Street Fighter, в Mortal Kombat была система подсчёта очков (игрок получал очки за успешно нанесённые удары, мини-игре Test Your Might и других бонусах). Позже разработчики Mortal Kombat отказались от этой системы в пользу подсчитывания побед игроков.
Другим нововведением в игре стали знаменитые фаталити — специальные движения, добивающие уже побеждённого соперника. Например, Саб-Зиро вырывал проигравшему оппоненту голову с позвоночником.
Mortal Kombat также впервые представил концепцию джагглинга, идеи столь популярной и удачной, что она попала в ряд других игр, в том числе и не файтингов. Принцип джагглинга в том, что пока боец находится в воздухе, игрок не может им управлять и соответственно находящийся в воздухе боец абсолютно беспомощен и открыт для атак, до тех пор пока он не приземлится. Для того, чтобы использовать эту возможность, один боец должен был запустить своего оппонента в воздух, и удерживать его там различными ударами. В теории было возможно победить соперника, так и не дав ему упасть на землю, но на практике осуществить такое было очень нелегко. В ранних версиях игры, проведение джагглинга было очень легко, потому что противники отлетали в воздух после каждого удара. В версии 5.0 физика была изменена и противники реагировали на удары более реалистично, и также падали на землю быстрее, что сокращало количество ударов, которые можно было нанести по противнику в воздухе, — до трёх.
В Mortal Kombat также изменился стиль проведения специальных приёмов. В большинстве игр того времени они проводились круговыми (обычно полный круг, пол-круга или четверть круга) поворотами джойстика и следовавшим за ним нажатием на кнопку удара. Mortal Kombat был не только первой игрой, в которой некоторые спецприёмы проводились без нажатия на кнопку удара (как, например, атака Рейдена: назад, назад, вперёд), но и первым файтингом, в котором практически не использовались вращения джойстика для выполнения спецприёмов.
Наконец, Mortal Kombat стал первым файтингом, в котором появился секретный противник — Рептилия.
