Mortal Kombat 3 усложнил систему боя из предыдущих игр серии. Одним из нововедений стала кнопка «Бег» вместе с полоской энергии «Бег». Возможность бегать в игру была введена из-за критики тех фанатов, которые считали, что игроки, которые предпочитали использовать оборонительную тактику, имели больше преимущества перед игроками, которые предпочитали атаковать. Полоска энергии «Бег» расходовалась во время бега и проведения комбо, а затем быстро восполнялась.
Вторым нововведением стали «препрограммированные комбо». Такие комбо — это заранее запрограммированная разработчиками последовательность нажатий кнопок. После того, как хотя бы один удар попадёт в противника, все остальные удары в комбо становятся не блокируемыми. Некоторые комбо заканчиваются апперкотом или другим ударом, который подбрасывает противника в воздух и даёт возможность для джаглинга.
Для игроков с разным уровнем подготовки был представлен экран «Choose your Destiny» (Выбери свою судьбу), который позволял выбрать уровень сложности и количество оппонентов.
Впервые некоторые уровни стали частично интерактивными. Противника можно было выкинуть апперкотом сквозь потолок и продолжить битву на другой арене. Эта возможность также позволяла изменять последовательность уровней в игре. Подбросить противника на иную арену можно было обычным апперкотом и апперкотом, который был частью комбо. Приём Кунг Лао «Крутящийся Вихрь» также позволял выкинуть противника на другую арену. Хотя если последним ударом в раунде был апперкот, то противник не вылетал на следующую арену.
Различные типы добиваний, которые появились в МК2 (Фаталити, Френдшип, Бабалити), вернулись в третью часть серии. Также в игре появилось новое добивание — анималити (англ. Animality), о котором долгое время ходили слухи. Во время проведения Анималити победивший противник превращался в животное, чтобы убить своего противника. Ещё одно нововведение — Mercy (Пощада). Победивший игрок мог дать своему оппоненту небольшой процент здоровья и продолжить с ним бой. Mercy можно сделать только в третьем раунде и его необходимо сделать для проведения анималити. В игре также появились Stage Fatality, которые совершались только на определенных аренах Метро (англ. the Subway), Яма 3 (англ. the Pit 3), Колокольня (англ. the Bell Tower).
Ещё одна новая идея реализованная в MK3 — это Комбат Коды (англ. Kombat Kodes). Это шестизначные коды, различные комбинации для которых нужно набирать на Versus-экране (заставка с изображением противников перед боем) в режиме для двух игроков. Коды позволяли изменять геймплей, драться со скрытыми бойцами и боссами или выводили на экран скрытые послания разработчиков. Помимо обычных Комбат Кодов в игре были представлены десятизначные Ultimate Kombat Kodes, которые надо было вводить после окончания игры в режиме одного игрока. После ввода правильного кода, появлялась возможность игры за секретного бойца этой части — киборга Смоука. Владельцы игровых салонов могли сбрасывать этот код, используя меню диагностики или ДИП-переключатели внутри аркадной машины.
Общий стиль игры очень сильно отличается от предыдущих игр серии. В отличие от МК1 и МК2, в которых были сильны восточные мотивы, в МК3 преобладают западные и современные темы. Арены игры располагаются в современных городских локациях, три новых персонажа являются киборгами, а традиционный дизайн некоторых персонажей (Саб-Зиро и Кэно) был полностью или сильно изменён. Игра выглядит намного мрачнее, чем вторая часть, и использует более темную и менее насыщенную палитру цветов. Персонажи теперь смотрятся более реалистичными (в отличие от MK2, в котором бойцы выглядели слегка «мультяшными»). Многие арены в игре созданы впервые с использованием рендеренной 3D-графики. Изменения коснулись и саундтрека — восточные мотивы, преобладавшие в предыдущих частях игры, заменены на современную музыку.
