«Пасхальные яйца» и секреты Mortal Kombat был одной из первых игр, которые включали в себя секретных персонажей и «пасхальные яйца». В Mortal Kombat 3, к примеру, была спрятанная игра — Галаксиан. Многие секреты в серии требовали для открытия сложных действий и случайностей. В 1992 году, в первой аркадной игре серии, во время сражения на фоне Яма (The Pit), игрок мог получить право на сражение со скрытым бойцом Рептилией. Для этого ему было необходимо победить с двумя Чистыми Победами (то есть не получить ни одного удара), сделать Фаталити и не нажимать блок во время боя. Также необходимым условием было, чтобы во время боя на фоне Луны пролетали различные предметы. Рептилия был по сути объединением Скорпиона и Саб-Зиро: он использовал приёмы обоих бойцов, а также был быстрее остальных персонажей. В MK2 Рептилия был переработан в полноценного персонажа со своими приёмами, и стал доступен с самого начала игры. В первой и второй части MK на Сеге Генезис были свои, уникальные для этой версии, пасхальные яйца — на фоне Яма в MK1 на фоне луны иногда пролетала голова президента Проуб Софтвейр (Probe Software) Фергюса МакГоверна, в MK2 Рейден на фоне Оружейная мог исполнить специальное добивание Фергалити.
Некоторые пасхальные яйца происходят из шуток, которые ходили внутри компании Мидвей. Наилучший пример — это знаменитое «Toasty!», которое попало в игру в виде небольшого изображения Дэна Фордена (композитора серии), которое появлялось из угла экрана во время игры (как правило после исполнения апперкота) и пело: «Toasty!» (игроки могли сразиться со Смоуком, когда изображение появлялось на фоне Портал в MK2, для этого нужно было нажимать Вверх + Старт во время произношения Toasty!). Следующие игры серии, включили в себя некоторые другие шутки произошедшие таким же способом. В MK4 персонажи быстро произносили непонятные фразы и крики во время боя (по большей части — глупые словосочетания на испанском, типа «Играй на пианино») в стиле похожем на выкрики Рейдена в первых двух играх. Ещё одна интересная деталь в MK4, Форден также выкрикивал «Toasty 3D!» Также «Toasty!» появляется в игре Mortal Kombat: Shaolin Monks, случайно во время проведения комбо. Нажав кнопку Start во время выкрика «Toasty!» можно получить 1000 очков опыта.
Также очень распространённым был слух о присутствии в первой игре Mortal Kombat красного ниндзя Ермак: об этом писали многие игровые журналы. По слухам, Ермак появлялся из-за ошибки в игре, которая перекрашивала Скорпиона из жёлтого цвета в красный, а имя заменяла на сообщение об ошибке: «Error Macro» (имя Ermac является сокращением этого сообщения). Некоторую роль в появлении слухов об этом персонаже сыграла и строка статистики в первых релизах игры с обозначением «Ermacs», значение которой никогда не менялось. Также подливала масла в огонь надпись «Ermac Who?», которая появлялась иногда в MK2 перед боем. Но в этой же части игры разработчики анаграммой «Ceamr Odse Nto Exits» (расшифровывается как «Ermac Does Not Exist» — с англ. «Ермак не существует») опровергли слух о существовании Ермака. В аркадной версии нового Ultimate Mortal Kombat 3 разработчики всё же решили создать персонажа Ермак как секретного, играбельного бойца со своими приёмами, открыть которого можно введя несложный код — 12344-44321. В версиях для домашних консолей он был доступен с самого начала игры.
Ещё в игре Mortal Kombat можно более легко сразиться с Рептилией если на мосту сделать противнику фаталити и ввести код ABACABB.
В консольной версии Mortal Kombat Ultimate (на Sega Genesis) можно играть за Смоука-человека, если выбрать Смоука-Киборга и перед самой загрузкой поединка (пока экран ещё чёрный) зажать на джойстике все шесть кнопок. Смоук-человек дымит и повторяет все приемы Скорпиона, но при этом имеет собственный портрет.
В Mortal Kombat II на арене The Pit II на втором мосту можно увидеть стоящих в боевой стойке Лю Кенга в зелёных штанах и некого горящего человека. Первый получил прозвище Хорнбакл (англ. Hornbuckle) из-за строки появляющейся в игре после титров «Who is Hornbuckle?» (с англ. «Кто такой Хорнбакл?») связанной с именем одного из тестеров игры. Горящий человек получил у фанатов прозвище Торч (англ. Torch — Факел) и позже был введён в MKDA в качестве секретного персонажа под именем Блейз (Midway не смогли назвать его Торч из-за проблем с авторскими правами). Персонаж Hornbuckle появился только в фанатских ремейках Mortal Kombat на движке Mugen.
