Эта версия представляет из себя порт Ultimate Mortal Kombat 3 для Game Boy Advance. Список бойцов иакой же, как и в версиях для СНЕС и Сеги Генезис. Поскольку на GBA было на две кнопки меньше, чем использовались в обычном управлении УМК3, некоторые комбинации кнопок были изменены или объединены. Уровень жестокости в игре был несколько снижен, из-за более молодой фанбазы использующей ГБА (несмотря на это игра получила рейтинг «М for Mature»). В этой версии Ultimate Mortal Kombat 3 крови меньше, чем в остальных.
У каждого персонажа (кроме Нуб-Сайбота и боссов) по одному Фаталити и Френдшипу. Трое скрытых могут быть открыты игроком в случае прохождения любого из столбика с бойцами, за исключением с уровнем «Новичок». Скрытые персонажи в игре: Шао Кан (столбик «Гранд Мастер»), Мотаро (столбик «Мастер»), Смуок-человек (столбик «Воин»).
МК Адванс был резко окритикован и фанатами и журналистами. Некоторые игроки утверждали, что сложность интеллекта противников возросла слишком сильно, по сравнению с Ultimate Mortal Kombat 3, и что компьютерные оппоненты делают слишком длинные и сложные комбо. Редактор Ден Хсу их журнала Electronic Gaming Monthly дал игре первый в истории журнала рейтинг «0». Сейчас игра имеет рейтинг 34 % на Game Rankings и считается худшей в серии.