Эта версия основана на версии Mortal Kombat 3 для Windows и PlayStation и имеет такую же графику и основные меню. Также в игре есть элементы из МК3 убраные в оригинальной аркадной версии игры. Уровень «Банк» присутствует в этой версии. Шанг Цунг получил возможность превращаться в Смоука-киборга, что было невозможно в аркадном оригинале. Секретных персонажей можно было открыть при помощи секретных опций, что делало не нужным ввод трёх различных кодов для открытия каждого бойца. Этот способ намного быстрее, тем более, что секретные бойцы не сохраняются открытыми после выключения приставки. Ультимейт Комбат Коды были укорочены до шести символов, вместо десяти, видимо, для того, чтобы их можно было набирать на одном джойстике.
Также в игре были некоторые другие отличия от оригинальной версии: было добавлено несколько новых Комбат Кодов, но некоторые Коды из аркадной Ultimate Mortal Kombat 3 перестали работать. Нуб-Сайбот снова является закрашенным чёрным Кано в этой версии. Поскольку в игре нет ролика с демонстрацией геймплея, то Рейн в игре вообще не появляется, однако секретное сообщение (открываемое при помощи Комбат Кода) «Рейн может быть найден на кладбище» всё ещё в игре. Просмотр Высшей Демонстрации добиваний может занять 30 минут, поскольку Сатурн будет считывать информацию о каждом добивании с диска. Это приводит к остановке игры на время загрузки. Когда демонстрация происходит на уровне на котором есть анимация, то бойцы останавливаются, а анимация на уровне продолжает работать.
