Супер Нинтендо Ultimate Mortal Kombat 3 Из-за небольшого размера картриджа порт Ultimate Mortal Kombat 3 для СНЕС претерпел существенные изменения в отличие от порта на Сегу Сатурн. Было добавлено новое добивание Бруталити (новая форма добивания, которая позволяла игроку сделать очень длинную цепочку ударов после которой противник взрывался). Рейн и Нуб-сайбот впервые были сделаны доступными для игры персонажами, хотя они очень не сбалансированы и у них нет «полноценных» добиваний (бруталити и фоновые добивания — не в счёт). Мелина, Ермак и Классический Саб-Зиро доступны для игры с самого начала. Мотаро и Шао Кан также могут быть открыты для игры, в режиме для двух игроков, но только один игрок может выбрать босса. Также в игру были включены четыре секретных меню, позволяющие радикально изменять геймплей.
Для того, чтобы уместить игру на картридж СНЕС большое количество содержимого было вырезано. Шао Кан больше не объявляет имена персонажей. Все уровни из МК3, кроме двух (Крыша и Яма 3) отсутствуют. Эти два уровня используются только в битвах с боссами. Шива была убрана из игры, однако в режиме турнира «8 против 8», если использовать случайный выбор игроков, нажав «Вверх»+«Старт», вместо некоторых портретов персонажей будет появляться иконка с буквой «Е», которая по сути представляет Шиву. Все спрайты персонажа убраны из игры (вместо них появляются обрывки спрайтов от оружий других персонажей или точки), но большая часть её движений, включая Фаталити, работает. Большая часть её спецприёмов, особенно броски, будет приводить к зависанию игры. «Потерянные Сокровища Кана» содержат всего десять ячеек, вместо двенадцати. Уровень «Спрятанный Портал» на котором в Mortal Kombat 3 происходила битва со Смоуком существует в игре, но графика была заменена на синий портал с экрана Choose Your Destiny. Музыка на уровне та же, что и в Mortal Kombat 3. Получить доступ к этому уровню можно только с помощью Game Genie. Соня использует версию своего Френдшипа из МК3. Одно из Фаталити Скорпиона отличается от того, что было в аркадной версии игры — вместо, чтобы призывать армию своих двойников, Скорпион переносит противника на уровень Логово Скорпиона, где тот загорается и взрывается. Также в игре в отличие от Ultimate Mortal Kombat 3 на Сеге нет биосов Мелины, Классического Саб-Зиро и нет концовки Рейна.
